17.11.2025
Die Wahrscheinlichkeit einer steuerlichen Betriebsprüfung ist zwar gering, doch auch Arztpraxen stehen immer stärker im Fokus der Finanzämter.
Mögliche Gründe sind u. a. hohe Steuernachzahlungen (ggf. auch aus einer früheren Betriebsprüfung), starke Umsatzschwankungen nach stabilen Vorjahren, unklare Angaben in der Steuererklärung (z. B. bei Angehörigen-Arbeitsverträgen), eine geänderte Rechtsform, oder das Zufallsprinzip.
Auch das Angebot von Individuellen
Gesundheitsleistungen (IGeL) führt zu verstärkten Prüfungen; manche IGeL sind gemäß Steuerrecht umsatzsteuerpflichtig. U. U. können spezielle Verträge mit Krankenkassen Leistungsbestandteile mit umsatz- und gewerbesteuerlichen Faktoren enthalten. Dennoch wurden viele Niedergelassene
bislang nicht zur Abgabe einer Umsatzsteuererklärung herangezogen, was die Finanzämter mit Nachforderungen rechnen
lässt.
Hinweise auf eine bevorstehende Prüfung sind i. d. R. Steuerbescheide, die „unter dem Vorbehalt der Nachprüfung“ erlassen werden. Die Betriebsprüfung muss dennoch eigens angekündigt werden und findet entweder in der Praxis oder im Steuerbüro statt. Zur Vorbereitung sollten Ärzte mit ihren Steuerberatern Schwachstellen prüfen (Betriebsausgaben, IGeL-Abrechnungen, usw.) und abschätzen, wie viel bereits aus EÜR, Steuerklärungen oder vorherigen Prüfungen sowie anderen Quellen bekannt sein könnte – bestenfalls sind alle Sachverhalte beleg- und erklärbar. Während der Prüfung besteht für Praxisinhaber die Mitwirkungspflicht und das Recht, Sachverhalts- und Rechtsfragen darzustellen – was nur in Anwesenheit der Steuerberater geschehen sollte. Private Räume oder Konten sind für die Prüfung tabu, außer diese betreffen den Praxisbetrieb. Für die Prüfer ist hauptsächlich die per EDV erstellte Praxis-Buchführung relevant. Die Prüfung ärztlicher Unterlagen ist nur zulässig, wenn sie sich auf die finanziellen Beziehungen zu Patienten beschränkt. Versehentlich überlassene Daten dürfen bei einer Prüfung verwertet werden. Hier ist also Vorsicht geboten. I. d. R. werden die angegebenen Betriebsausgaben, die Fahrten mit dem Geschäftswagen, das Vorhandensein der Anlagegüter, die Deckung der Lebenshaltungskosten und die Abgrenzung der umsatzsteuerfreien von den -pflichtigen Leistungen geprüft.
Im Nachgang sollte auf eine Schlussbesprechung mit den Prüfern bestanden werden, um die Auswertung vorgestellt und Informationen zur Nachzahlung zu bekommen. Der beste Schutz vor unangenehmen Überraschungen in der Betriebsprüfung bleibt aber nach wie vor eine saubere Buchführung und die enge Zusammenarbeit mit Ihrer Steuerberatungskanzlei.
meditaxa Redaktion